Fakultas Keislaman telah berdiri sejak bulan mei 2014 ketika itu masih bernama Fakultas Ilmu – ilmu keislaman (FIIK). Fakultas Keislaman Universitas Trunojoyo Madura (FKis UTM) saat ini menyelenggarakan 1 (satu) jenjang pendidikan yaitu S1. Program Studi S1 telah terakreditasi yaitu Hukum Bisnis Syariah dan Ekonomi Syariah. Jumlah dosen Fakultas Keislaman UTM saat ini adalah 38 orang dengan rincian 11 orang Doktor, 3 orang kandidat Doktor dan 23 Magister.